میدان مغناطیسی زمین از آهن مذاب و چرخان داخل هسته سرچشمه می‌گیرد که باعث ایجاد نوعی نیروی محرکه می‌شود. در مشتری نوع کمیابی از ماده موسوم به هیدروژن فلزی، میدان مغناطیسی را تقویت می‌کند.

سنگینی مشتری به معنی فشار شدید آن بر هسته‌ است و باعث شکل‌گیری ماده‌ی عجیبی می‌شود که نمونه‌ی آن در دیگر نقاط منظومه‌ی شمسی وجود ندارد. هیدروژن که سبک‌ترین عنصر جدول تناوبی است و معمولا به شکل گازی دیده می‌شود، در مشتری فشرده می‌شود تا جایی که الکترون‌هایش از اتم‌های آن جدا شده و به‌صورت آزادانه حرکت کنند.

دریای الکترون‌های آزاد باعث ایجاد نوعی نیروی محرکه و یک میدان مغناطیسی بسیار قوی می‌شود. کره‌ی نفوذ مغناطیسی مشتری، حتی عریض‌تر از خورشید است. این مغناطیس‌کره به قدر کافی بزرگ است تا از این سیاره در برابر بادهای خورشیدی محافظت کند و ذرات خورشیدی را تا مدار زحل از خود دور کند. در واقع حتی ممکن است مشتری هدفی دست‌نیافتنی برای بادهای خورشیدی باشد، اما این سیاره و قمرهایش ذرات پرانرژی خود را منتشر می‌کنند. این ذرات توسط میدان مغناطیسی که از مشتری در برابر بمباران یونی محافظت می‌کند، به دام افتاده و شتاب می‌گیرند.

ذرات باردار از آیو، قمر مشتری سرچشمه می‌گیرند که مواد آتشفشانی آن به دلیل فرار الکترون‌ها از مولکول‌هایشان، برانگیخته می‌شود. الکترون‌های آزاد با سرعت نزدیک به نور به دور مشتری حرکت می‌کنند و امواج رادیویی را منتشر می‌کنند. این امواج رادیویی از دیدگاه علمی دردسرساز هستند، زیرا مانع از سیگنال‌های رادار می‌شوند که دانشمندان برای بررسی فضای داخلی مشتری از زمین ارسال می‌کنند.

پوشش الکترونی همچنین باعث ایجاد کمربندی از پرتوها می‌شود که به فضاپیماهای بازدیدکننده کوبیده می‌شوند. با توجه به تمام این موانع، دانشمندان کاوشگر جونو را مانند یک تانک زره‌پوش ساختند، به‌طوری‌که تمام قطعات الکترونیکی حساس آن در یک گنبد تیتانیومی محافظ الکترونی قرار دارد که وزن تقریبی آن به ۱۸۱ کیلوگرم می‌رسد.

گفتنی است که مغناطیس‌کره‌ی قوی سیاره مشتری باعث ایجاد شفق‌های قطبی چشمگیری می‌شود. این اتفاق زمانی رخ می‌دهد که الکترون‌هایی که در مسیرهای مختلف حرکت می‌کنند به اتم‌های موجود در جو برخورد و انفجارهای نوری را ایجاد کنند. با توجه به این مسئله که میدان مغناطیسی با پوشاندن قمرها به اندازه‌ی کافی بزرگ است، گدازه‌های منتشر شده از آیو را به نقطه‌ی دیگری هدایت می‌کند. دانشمندان همچنین این آلاینده‌ها را روی اروپا هم دیده‌اند که دیگر قمر مشتری در فاصله‌ی صدها کیلومتری از آیو است.