حتی از زمان شروع دوره طبقه‌بندی جانداران، تعداد نامشخصی از گونه‌ها پیش از اینکه کسی فرصت ثبت وجود آن‌ها را پیدا کند، از صحنه حیات خارج شدند. بسیاری از این اشکال حیات بی هیچ ردی ناپدید شدند و برخی دیگر فسیل‌هایی را برجای گذاشتند که پس از انقراض کشف شدند یا اینکه هنوز کشف نشده‌اند.

دکتر الکساندر لیز از دانشگاه متروپولیتن منچستر در گفتگو با آی‌اف‌ال ساینس می‌گوید: «ناشناخته‌های بزرگ، مواردی هستند که پیش از شروع علم طبقه‌بندی منقرض شدند.»

برای پر کردن همه جاهای خالی، باید بقایای هر گونه‌ منقرض‌شده‌ای پیدا کنیم، هرچند این امر بسیار بعید است. برای بسیاری از گونه‌ها باید به فسیل‌ها متوسل شویم. بنابراین، گونه‌هایی که به خوبی تبدیل به فسیل می‌شوند، ممکن است سابقه بهتری ازنظر انقراض‌های تاریخی داشته باشند. برای مثال، پرندگان به خوبی پستانداران فسیل نمی‌شوند و بیشتر بی‌مهرگان در سوابق فسیلی کمیاب هستند. به‌عبارت‌دیگر، واقعا نمی‌دانیم در طول تاریخ بشر چندین انقراض تاریک رخ داده است، اگرچه دانشمندان حدس‌هایی زده‌اند و ارقام تکان‌دهنده هستند.

فهرست رسمی گیاهان و جانوران منقرض‌شده آی‌یوسی‌ان درحال‌حاضر شامل فقط ۹۰۹ گونه می‌شود. بااین‌حال، این رقم کمتر از حد واقعی است، زیرا انقراض‌های ناشناخته یا گونه‌های کشف‌نشده را درنظر نمی‌گیرد.

پژوهشگران تلاش‌هایی برای ایجاد مدل‌های آماری برای محاسبه تعداد انقراض‌های تاریکی که با این انقراض‌های تایید شده همراه بودند، انجام داده‌اند. به‌عنوان مثال، نتایج مطالعه‌ای نشان داده است حدود ۱۴۳۰ گونه از پرندگان ممکن است براثر فعالیت‌های انسانی از بین رفته باشند، درحالی‌که مطالعه دیگری نشان می‌دهد ۶۰ درصد از کل انقراض‌ها در برخی از گروه‌های جانداران ممکن است گونه‌های کشف‌نشده باشند. مقاله دیگری به این نتیجه رسیده است که ممکن است در طول ۵۰۰ سال گذشته ۲۶۰ هزار گونه از بی‌مهرگان را از دست داده باشیم.

درحالی‌که پژوهش‌های تئوریکی درمورد انقراض‌های تاریک انجام شده است، هرازگاهی دانشمندان شواهد فیزیکی واقعی برای این پدیده پیدا می‌کنند و بیشتر آن‌ها نشان می‌دهند تخمین‌های عددی ما چقدر اشتباه بوده است. به‌عنوان مثال، در سال ۲۰۱۳ یکی از تبارهای حلزون‌های خشکی منقرض‌شده در پلی‌نزی فرانسه کشف شد که تعداد کل انقراض‌های تاییدشده گروه نرم‌تنان را حدود دو درصد افزایش داد.

با توجه به اینکه بیشتر تخمین‌های انقراض تاریک بر اساس برون‌یابی انقراض‌های شناخته شده است، چنین یافته‌هایی می‌تواند تاثیر قابل‌توجهی بر مدل‌سازی آماری داشته باشند.

لی توضیح می‌دهد هر انقراض تاریخی که به تازگی تایید شده است، احتمالات بی‌پایانی را برای از دست دادن گونه‌های همسفره که ممکن است با این موجودات منقرض‌شده مرتبط بوده باشند، باز می‌کند. از طرف دیگر، درحالی‌که ممکن است به راحتی بتوان جانوران باستانی بزرگ را در آثار فسیلی شناسایی کرد، وقتی صحبت از انگل‌هایی به میان می‌آید که در بدن این گونه‌ها زندگی می‌کردند و همچنین موجوداتی که مدفوع آن‌ها را مصرف می‌کردند، متوجه می‌شویم تا چه حد درمورد گونه‌هایی که از دست رفته‌اند، بی‌خبر هستیم.

انقراض بخش جدایی‌ناپذیری از فرایند انتخاب طبیعی است و تصور می‌شود حتی بدون کمک انسان‌ها، جهان سالانه حدود یک گونه در هر میلیون گونه را از دست می‌دهد که به نرخ انقراض پس‌زمینه معروف است.

تخمین‌های کنونی نشان می‌دهد جهان با سرعت هزاران بار بیشتر از نرخ انقراض پس‌زمینه درحال از دست دادن موجودات است و این امر موجب طرح این پیشنهاد شده که در میانه ششمین انقراض جمعی سیاره زمین قرار داریم. بنابراین، بدیهی است که در حفاظت از تنوع زیستی زمین موفق نبوده‌ایم و اگر می‌خواهیم با این روند مقابله کنیم، هم‌اکنون به سرمایه‌گذاری‌های بزرگ روی حفاظت از زیستگاه‌ها نیاز داریم.